Еще одна причина появления наброска новой синтетической эволюционной теории, который предлагается в этой книге, специфическая, в какой-то мере личная. Я получил высшее образование и окончил аспирантуру в Московском государственном университете (еще во времена СССР), в области молекулярной вирусологии. Моя кандидатская работа включала экспериментальное изучение репродукции полиовируса и родственных вирусов, крошечный геном которых представлен молекулой РНК. Я никогда не умел как следует работать руками, да и место и время были не лучшими для экспериментов, потому что даже простейшие реагенты было сложно достать. Сразу по завершении моей кандидатской мы с моим коллегой Александром Евгеньевичем Горбаленей принялись за иное направление в исследованиях, которое в то время казалось многим совершенно ненаучным. Это было «разглядывание последовательностей» – попытки предсказать функции белков, закодированных в крошечных геномах вирусов (это были единственные полные геномы, доступные в то время), исходя из последовательности их кирпичиков-аминокислот. Сегодня кто угодно может легко провести такой анализ, используя удобные программные средства, которые можно бесплатно загрузить из Интернета; естественно, осмысленная интерпретация результата все равно потребует обдумывания и навыка (здесь с тех пор ничего особенно не изменилось). В 1985 году, однако, практически не было ни компьютеров, ни программ. И все же с помощью наших коллег-программистов нам удалось разработать несколько довольно полезных программ (мы тогда набивали их на перфокартах). Львиная доля анализа производилась вручную (или, точнее, на глаз). Вопреки всем трудностям и невзирая на некоторые упущенные возможности, наши усилия в последующие пять лет были довольно успешны. Мы смогли превратить функциональные карты тех самых крошечных геномов из большей частью неисследованных территорий в весьма насыщенные геномные карты биологических функций. Большинство предсказаний было впоследствии подтверждено на опыте, хотя некоторые из них до сих пор еще в работе: лабораторные эксперименты занимают куда больше времени, чем компьютерный анализ. Уверен, что нашему успеху послужило раннее осознание очень простого, но удивительно мощного основного принципа эволюционной биологии: если явственно различимый мотив в последовательности белка сохраняется в течение долгой эволюции, то он функционально важен, и чем он консервативнее, тем важнее функция. Этот принцип, в сущности вытекающий из простого здравого смысла, но конечно же строго следующий из молекулярной эволюционной теории, прекрасно служил нашим целям и, уверен, сделал из меня эволюционного биолога до конца моих дней. Я склонен перефразировать известное изречение великого эволюционного генетика Феодосия Добржанского: «Ничто в биологии не имеет смысла, кроме как в свете эволюции» (Dobzhansky, 1973) – еще более прямым образом: биология есть эволюция.
Е.Кунин: логика предвзятости
Книгу Евгения Кунина могу порекомендовать только биологам, причём, только тем, кто умеет самостоятельно мыслить, не оглядываясь на авторитетов. Дело в том, что книга во многом самообзор, как точно назвал этот стиль Михаил Гельфанд в своей рецензии на эту книгу. …
Книгу Евгения Кунина могу порекомендовать только биологам, причём, только тем, кто умеет самостоятельно мыслить, не оглядываясь на авторитетов. Дело в том, что книга во многом самообзор, как точно назвал этот стиль Михаил Гельфанд в своей рецензии на эту книгу. Я ничего не имею против такого жанра, он может быть полезен и интересен, но, в данном случае, автор претендует на большее, на научную истинность в последней инстанции, то есть отражающую науку на сегодняшний день. Из-за этого у читателя может сложиться одностороннее понимание ситуации, сложившейся в науке. Это усиливается тем, что автор активно продвигает некоторые свои идеи, ради чего закрывает глаза на другие возможные интерпретации, которые, на мой взгляд, иногда лучше и проще объясняют данные, приводимые автором. Это касается, например, происхождения эукариот и того, каким образом появилось ядро. Некоторые идеи, например повсеместность ГПГ, имеют противоречивые следствия.
Кроме того, опять же на мой взгляд, местами происходит подмена понятий, связанная с молекулярно-генетической специализаций автора. Подменяются такие понятия как эволюция, прогресс, древо жизни, на эволюцию гена, прогресс геномов, древо жизни генов. Причины этих подмен понятий легко обнаружить:
1) Плохо разработанная терминология в биологии. Когда нет точного и однозначного определения жизни, живого организма, легко сменить содержание при рассуждениях о дереве жизни и прочих производных понятиях.
2) Уход от работы с организмами. Здесь есть и смена объекта, которая ведёт к смене методов, есть и подмена понятий, так как биологические понятия расплывчаты, их можно менять под себя. Многие учёные занимающиеся исключительно молекулярно-генетической областью теряют связь с классическими областями науки, такими как цитология, гистология, популяционная экология и пр. Это происходит в том числе потому, что они считают прочие дисциплины малозначащими по сравнению с молекулярной генетикой.
3) Автор продвигает свои идеи, в том числе с ущербом для объективности, данные обрабатываются только в нужную пользу, хотя из них, как уже было сказано, можно вывести и другие следствия.
Это касается, например, происхождения эукариот и того, каким образом появилось ядро. А основания для postmodern synthesis кажутся не обоснованными. Развёрнутую версию рецензии можно прочитать тут: http://costya-s-book.livejournal.com/61829.html
В этой амбициозной книге Евгений Кунин освещает переплетение случайного и закономерного, лежащих в основе самой сути жизни. В попытке достичь более глубокого понимания взаимного влияния случайности и необходимости, двигающих вперед биологическую эволюцию, Кунин сводит воедино новые данные и концепции, намечая при этом дорогу, ведущую за пределы синтетической теории эволюции. Он интерпретирует эволюцию как стохастический процесс, основанный на заранее непредвиденных обстоятельствах, ограниченный необходимостью поддержки клеточной организации и направляемый процессом адаптации. Для поддержки своих выводов он объединяет между собой множество концептуальных идей: сравнительную геномику, проливающую свет на предковые формы; новое понимание шаблонов, способов и непредсказуемости процесса эволюции; достижения в изучении экспрессии генов, распространенности белков и других фенотипических молекулярных характеристик; применение методов статистической физики для изучения генов и геномов и новый...
Читать полностьюВ этой амбициозной книге Евгений Кунин освещает переплетение случайного и закономерного, лежащих в основе самой сути жизни. В попытке достичь более глубокого понимания взаимного влияния случайности и необходимости, двигающих вперед биологическую эволюцию, Кунин сводит воедино новые данные и концепции, намечая при этом дорогу, ведущую за пределы синтетической теории эволюции. Он интерпретирует эволюцию как стохастический процесс, основанный на заранее непредвиденных обстоятельствах, ограниченный необходимостью поддержки клеточной организации и направляемый процессом адаптации. Для поддержки своих выводов он объединяет между собой множество концептуальных идей: сравнительную геномику, проливающую свет на предковые формы; новое понимание шаблонов, способов и непредсказуемости процесса эволюции; достижения в изучении экспрессии генов, распространенности белков и других фенотипических молекулярных характеристик; применение методов статистической физики для изучения генов и геномов и новый взгляд на вероятность самопроизвольного появления жизни, порождаемый современной космологией.
Логика случая демонстрирует, что то понимание эволюции, которое было выработано наукой XX века, является устаревшим и неполным, и обрисовывает фундаментально новый подход - вызывающий, иногда противоречивый, но всегда основанный на твердых научных знаниях.
Перечитал еще раз. Когда-то автор любезно прислал мне еще не опубликованную тогда английскую версию. А сейчас в Екатеринбурге купил в книжном магазине русское издание (организованное И-П) и перечитал с огромным удовольствием. Кстати. eugene_koonin в предисловии высказывает осторожное сомнение: а зачем нужно вообще русское издание, если язык науки английский? Ну, вот, мне, например, по-русски читать такого рода тексты намного легче, вот зачем.
Оговорки, что я не специалист и т.п., неуместны - естественно, это мой журнал, и я высказываю свое личное мнение, а уж чего и в чем понимаю/не понимаю, о том читатели (во всяком случае, постоянные читатели) давно составили собственное, в свою очередь, мнение.
Книга, несомненно, выдающаяся. Редко какую популярную книгу (конечно, "популярная" она весьма условно) читал с таким удовольствием и с такой пользой. Две вещи отложились как мировоззренчески важные.
1. Понимание сложности как слегка промодулированного хаоса. Оказалось настолько конструктивно, что уже обсудил с сотрудником совершенно конкретные выкладки, которые нужно сделать по кой-какому сугубо физическому поводу. Но и не только. Вообще, вот это все, про нейтральную эволюцию, про бессмысленный, в основном, геном, про эволюцию как мастерового, который подкручивает колесики в существующем механизме, а не творит все новое и идеальное - очень, очень важная мысль для меня. Еще в очень ранней молодости отметил вскользь брошенные замечания Лема (особенно в "Гласе Господнем") о роли случайности в эволюции, и уже тогда произвели они глубокое впечатление. Но тут-то целая книга, аргументы, объяснения, всё.
2. Бессмысленность понятия биологического прогресса, анти корреляция сложности (организменной) и приспособленности. Самые эволюционно успешные тварюшки просты, оптимальны, в геноме у них все ать-два, как в "Наставлении по стрелковому делу", прямо эффективные менеджеры какие-то. А мы - уроды, не выбраковываемые отбором исключительно в силу нашей малочисленности. Да-да, это и про общественное устройство тоже (в каковых ассоциациях автор, разумеется, не виноват, это уж в меру моей испорченности).
Прочистились основательно мозги насчет Дарвина, Ламарка, СТЭ и прочего, что раньше Рабинович (в плохом смысле) напел.
Теперь... Ох. Да-да-да, про последние главы, про антропный принцип, Мультиверс и инфляцию. Читал я эти главы и тихо радовался, что не биолог. Что у меня, по слову великого Ларкина, не "сценарии", а вычисления и результаты (а также, объяснения и предсказания совершенно конкретных экспериментов). Вдруг понял, что молекулярная биология (и эволюционная биология, хоть, как понимаю, неэволюционной биологии, по автору, просто не бывает) очень похожа на нашу "фундаментальную физику". Вот, квантовая теория поля, гравитация, космология, это все. А мое конденсированное состояние, с прямой амбицией понимать мир вокруг нас - аналог классической полевой биологии, всей это зоологии-ботаники. И это совершенно разная психология научного творчества, разная мотивация. Если бы я был биологом, я бы изучал какое-нибудь поведение рыб (была в Лейдене такая группа, их, кажется, разогнали за плохие формальные показатели по сравнению с молбиологами). И совершенно естественно, что в физике "глобальных" биологов привлекает не физика конденсированного состояния, которая вроде бы ближе к ним по природе изучаемых объектов, как там Шредингер говорил - апериодический кристалл? - тогда это к нам, а квантовая космология. Как там у Маяковского? "Государство крупными вещами интересуется - фордизмы всякие, то-се... машина времени".
И насколько же мы, физики, счастливы, что конденсированное состояние - это больше половины всей физики, что струнщики не загнали нас под плинтус, как молекулярные биологи полевых, что муж в сраженьях изувечен, что нас за то ласкает двор... Тьфу, куда-то не туда занесло.
Ну, понятно, что ядерная физика была намного важнее всей остальной. Пока не оказалось, что изобретенные без шума и помпы транзисторы и лазеры намного важнее атомной бомбы, не говоря про коллайдеры. Было, все было. И прошло. И это пройдет.
М.: Центрполиграф, 2014. — 524 с. — ISBN 978-5-227-04982-7В этой амбициозной книге Евгений Кунин освещает переплетение случайного и закономерного, лежащих в основе самой сути жизни. В попытке достичь более глубокого понимания взаимного влияния случайности и необходимости, двигающих вперед биологическую эволюцию, Кунин сводит воедино новые данные и концепции, намечая при этом дорогу, ведущую за пределы синтетической теории эволюции. Он интерпретирует эволюцию как стохастический процесс, основанный на заранее непредвиденных обстоятельствах, ограниченный необходимостью поддержки клеточной организации и направляемый процессом адаптации. Для поддержки своих выводов он объединяет между собой множество концептуальных идей: сравнительную геномику, проливающую свет на предковые формы; новое понимание шаблонов, способов и непредсказуемости процесса эволюции; достижения в изучении экспрессии генов, распространенности белков и других фенотипических молекулярных характеристик; применение методов статистической физики для изучения генов и геномов и новый взгляд на вероятность самопроизвольного появления жизни, порождаемый современной космологией.
Логика случая демонстрирует, что то понимание эволюции, которое было выработано наукой XX века, является устаревшим и неполным, и обрисовывает фундаментально новый подход - вызывающий, иногда противоречивый, но всегда основанный на твердых научных знаниях.".Монография Е. В. Кунина - знаковое событие для естественных наук. Эту книгу необходимо включить в базовый список литературы для высших учебных заведений. Дело даже не в том, что она обеспечивает необходимый уровень фундаментальной подготовки в естественных науках, - она предоставляет крайне важный пример способов анализа, интерпретаций, ассоциативных рядов, обобщений, так необходимых для любой интеллектуальной работы". - из журнала "Химия и жизнь".Английский вариант издания: /file/1036354/ Оглавление
Введение: на пути к новому синтезу эволюционной биологии - постсинтетическому и постмодернистскому
Основы эволюции: Дарвин и синтетическая теория эволюции
От синстетической теории к эволюционной геномике: различные механизмы и пути эволюции
Сравнительная геномика: эволюционирующие геномные ландшафты
Геномика, системная биология и универсалии эволюции: эволюция генома как феномен статистической физики
Сетевая геномика мира прокариот: вертикальные и горизонтальные потоки генов, мобиломы и динамика пангеномов
Филогенетический лес и поиск неуловимого древа жизни в век геномики
Происхождение эукариот: эндосимбиоз, удивительная история интронов и исключительная важность единичных событий в эволюции
Неадаптивная нулевая гипотеза эволюции генома и истоки биологической сложности
Ламарковский, дарвиновский и райтовский режимы эволюции, эволюция эволюционируемости, надёжность биологических систем и созидательная роль шума в эволюции
Мир вирусов и его эволюция
Последний универсальный общий предок, происхождение клеток и первичный резервуар генов
Происхождение жизни. Возникновение трансляции, репликации, метаболизма и мембран: биологический, геохимический и космологический подходы
Постсовременное состояние эволюционной биологии
Приложение: философия постмодерна, метанарритивы; природа и цели научных исследований
Приложение: эволюция космоса и жизни - вечная инфляция, теория "мира многих миров", антропный отбор и грубая оценка вероятности возникновения жизни
